Az FL Studio nem csak VST, DX és Rewire plugineket támogat, hanem az FL Studio "natív plugin" architektúráját is.

A natív architektúra néhány fontos limitációval rendelkezik a VST és VST2 formátumhoz képest és engedélyezi a:

• gyors vezérlési és automatizációs kapcsolhatóságot
• teljes szabadságot kifejező vezérlést